Afim de evitar o acumulo de sujeira e sedimentos dentro do seu purificador, além de colônia de bactérias  que se formam ao longo do tempo, seu aparelho deve ser limpo de forma a se alcançar todos os locais críticos, onde não se alcança simplesmente trocando o refil purificador, como por exemplo o reservatório interno, tubulações das torneiras e as torneiras em si.

Para cada modelo de purificador se aplica uma higienização diferente, em alguns casos se troca as torneiras, outros não, alguns troca-se as mangueiras, outros usam tubos de acrílico que passam por limpeza, ou seja, consulte alguém de confiança para este serviço.